El edificio que existe actualmente sufrió obras dirigidas por Marcos Pires y terminadas por Diogo de Castilho. Sufrió pequeñas remodelaciones en los siglos XVII y XVIII.
Capilla dedicada a San Miguel y también sede de la Confraria de lentes y estudiantes bajo la invocación de Nuestra Señora de la Luz. Ha sido construida por el Infante D. Henrique que acompaño la trasferencia efectiva de la Universidad para Coimbra.
Cuando la Universidad adquirió el Palacio Real de la Alcazaba, adquirió igualmente la Capilla, manteniéndola bajo privilegio real.
El revestimiento con azulejos de la capilla-mor data de 1613, así como el altar-mor. En el final de este siglo, el interior ha sido totalmente revestido con azulejos de tipo “alfombra” comunes en aquel tiempo. Todos los ejemplares cerámicos han sido fabricados en Lisboa, y todos en el siglo XVII.
La pintura del techo se debe al lisboeta Francisco F. de Araújo, que la hizo en el final del siglo XVII.
